Para la gestión del Sitio Ramsar Delta del Paraná se constituyó en junio de 2017, el Comité Intersectorial de Manejo (CIM), órgano asesor consultivo que funciona a través de un Comité de Gestión y de Comités Técnicos conformados por actores gubernamentales y no gubernamentales que representan sectores diversos. Entre ellos los académicos, político-administrativos, fuerzas de seguridad, Organizaciones de la sociedad civil y pobladores.

En el año 2018 se inició un primer Ciclo de Planificación –estratégica, adaptativa y participativa– para el manejo del Sitio. Las jurisdicciones, con el apoyo técnico de Fundación Humedales / Wetlands International, impulsan el desarrollo del Plan de manejo con la participación de las comunidades locales y de otras organizaciones relevantes como la Administración de Parques Nacionales, Organizaciones de la Sociedad Civil, Universidades, INTA y actores claves de los sectores productivos, turísticos y científico.

En la reunión del Consejo Intersectorial de Manejo celebrado en la localidad de Las Cuevas (Entre Ríos) el 12 de julio de 2024 se establecieron los Portales de Acceso al sitio Ramsar, siendo la localidad de Monje la única santafesina hasta el momento; mientras que las localidades entrerrianas son Diamante y Las Cuevas.